Het is de laatste week van november 1327 in een welvarende abdij in het noorden van Italië. Broeder William Baskerville, een geleerde franciscaner monnik uit Engeland, komt als speciaal gezant van de keizer met een delicate diplomatieke opdracht naar Italië. Hij moet een ontmoeting organiseren tussen de van ketterij verdachte franciscanen en afgevaardigden van de paus.
Al spoedig ontwikkelt zijn verblijf in de abdij zich echter tot een tijd vol apocalyptische verschrikkingen: zeven dagen en nachten zijn William en zijn metgezel Adson getuige van de wonderbaarlijkste en voor een abdij hoogst zonderlinge gebeurtenissen. Er worden zeven geheimzinnige misdaden gepleegd, die de muren van de ontoegankelijke, labyrintvormige bibliotheek met bloed besmeuren. Angstige geruchten gaan door de abdij; niet alleen de abt heeft iets te verbergen, overal worden sporen uitgewist.
William, een voormalig inquisiteur, wordt door de onderzoekskoorts bevangen. De ontmaskering van de moordenaar gaat hem veel meer in beslag nemen dan de strijd tussen de keizer en de paus. Hij verzamelt aanwijzingen en ontcijfert manuscripten in geheimtaal. Steeds dieper dringt hij door tot de geheimen van de abdij.